Sin ánimo de entrar en debates políticos estériles en los cuales no estaremos nunca de acuerdo, por simple coherencia lingüística los topónimos se escriben en la misma lengua en la que se está redactando el resto del texto. Por ejemplo si escribes en Alemán, pondrás Köln y no Colonia, si es en Inglés pondrás London y no Londres. Y si es en Español, se escribe Vitoria y no Gasteiz. De igual manera que en Euskera se pondrá Arrasate en vez de Mondragon. Eso sí, cada quien puede escribir como le plazca, incluso puede poner erbir (hervir) o alkol (alcohol).
Excelente por otra parte la explicación de FTS.