Creo que 52mm es la separación mínima recomendada en normas NEM para estaciones. Lo mejor es que hagas pruebas y veas si te gusta como queda o prefieres que estén las vías algo mas separadas.
En cuanto a tener los desvíos alineados o no la verdad no se si en la realidad se produce el caso o no, pero en las maquetas la necesidad de ahorrar espacio suele producir esa combinación. Por otra parte el escalonarlos seguro que facilita evitar problemas al paso de dos trenes por ambas vías por tema de galibo, cosa que el la maqueta también es importante tener en cuenta. Los 52mm son la recomendación mínima en vías rectas de estación. En vías curvas depende del radio. Así que dependiendo del radio de los desvíos y con el mismo objeto de evitarnos problemas en la circulación es muy posible que también debiéramos escalonarlos en las maquetas.
Saludos.