Buenas,
En base a las ideas y sugerencias recibidas (@Elmatao,@bcntrensbailen) le he dado una vuelta al esquema:
Con este esquema, además de cumplir con la premisa de poder ejecutar maniobras con sentido, creo que queda espacio para una buena decoración. Ésta será de principios de los años 80, por lo que utilizaré un tractor diésel. Aunque luego me permita rodar material rodante de todas las épocas
Habiendo readaptado el esquema planteado por @bcntrensbailen, las maniobras serían las siguientes:
SILOS:
1-El tren llega y pasa a vía 2 (o incluso directamente a vía 1)
2-Tractor espera en vía 5. Locomotora principal pasa de L1 a cocherón por vía 1 (o por vía 2)
3-Tractor segrega la composición en vía 2
4-Tractor lleva el corte de composición a vía 1, a través de vía 5.
5-Las tolvas se cargan y el tractor deja la composición en tope izquierdo de vía 1(L1)
6-Tractor recupera el otro corte de composición de vía 2, y lo lleva a vía 1 a través de vía 5.
7-Las tolvas se cargan y se reagrupa la composición. Tractor pasa a vía 5.
8-Locomotora principal se acopla a la composición y salida. Tractor vuelve a cocherón
HARINERA1- El tren llega y pasa a vía 2
2- Tractor espera en vía 5. Locomotora principal pasa de L1 a cocherón por vía 1
3- Tractor segrega la composición en vía 2
4- Tractor lleva el corte de composición a vía 3, a través de vía 5.
5- Tractor puede recoger el resto de la composición de vía 2 y llevarlo a vía 4 a través de vía 5.
6- Maniobras en la fabrica para carga o descarga de vagones. Vía 6 permite maniobras en esta zona sin invadir la zona superior.
7- Una vez terminadas operaciones en la harinera se vuelve a formar el tren
7.1- Tractor lleva primer corte de vía 3 a vía 2, a través de vía 5.
7.2- Tractor lleva segundo corte de vía 4 a vía 2, a través de vía 5. Tractor se retira a vía 5.
7.3- Locomotora principal acude de cocherón a vía 2. Acople a la composición y salida.
7.4- Tractor vuelve a cocherón.
La vía 6 es la que me genera alguna duda si es correcta o no, pero creo, como he comentado, que permite maniobras en la zona de fábrica sin invadir la zona superior. Además de permitir al tractor acudir a la fábrica desde el cocherón e incluso estacionar vagones en caso de no tener uso.
El tamaño de las vías sería:
L1 = 200 mm
V1 = 910 (entre desvíos)
V2 = 1080
V3 = 720
V4 = 610
V5 = 530
V6 = 600
Por último, una vista en 3D del conjunto.

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A ver que opináis!! Saludos!!
Edito: La medida de vía 2 no era correcta. Ahora está bien.