Hola enid.
Los problemas de cortocircuitos pueden ser muy elusivos de diagnosticar.
yo empezaría:
1) cogería unas vías sueltas, las conectaría al transformador (no a la maqueta) y probaría alguna locomotora (con cuidado de que no se te suiciden el el borde de una mesa), así comprobaría si el problema es de las locomotoras (como te pasa en todas, es muy muy improbable) o del transformador.
2) ¿tienes un polímetro para medir continuidad? si es así, con el transformador desconectado y retirado todo el material móvil (locomotoras y vagones con luz, etc.) ¿tienes continuidad entre los carriles y la conexión central? -- no debería --
Si no tienes un polímetro te recomiendo que te hagas con uno. Hasta el más barato te será muy útil para diagnosticar problemas eléctricos. Busca uno digital.
Si el punto 2 te indica continuidad, malo. tienes que trabajar por prueba y error, o lo que es lo mismo, divide y vencerás. Tienes que dividir el circuito en dos mitades y desconectarlas (ojo, un óvalo necesita dos cortes) y probar cada mitad; si la mitad A te da continuidad y la B no, el problema está en la parte A y tienes que reiterar el proceso en dicha parte. Vamos, una currada.
Si el punto 2 no te indicase continuidad, entonces el problema estaría o en las locomotoras (improbable, ya lo he dicho) o en el transformador. Si tienes un coche de viajeros con luz, puedes probar a ponerlo y conectar a las vías (Estamos hablando de Märklin M ¿no?) la toma de accesorios, que dices que te funciona bien. En ese caso deberías encenderse las luces del coche. ¡¡NO PONGAS UNA LOCOMOTORA pues saldría disparada.
Suerte.