Hola, tienen que estar digitalizados los desvíos que quieras que controle y modifique estado el iTrain. Además, al iTrain se le pueden definir desvíos como "manuales", que él no intentará manejar, claro.
Por lo tanto, no hay problema en ello, pero debes tener cuidado con cómo los va a ir "pillando" los trenes, no creas que entra esperando que siga recto y esté desviado.
Lo que no acabo de entender es tu frase de que: "al actuar sobre los retrocontactos los cambios no se mueven hacia el cambio que no esta digitalizado", como te decía antes, si has definido ese cambio al iTrain, lo tienes que definir como "manual" y, evidentemente, iTrain no va a intentar cambiarlo. También, creo recordar que desde la V5, los puedes definir como "talonables" e iTrain lo tendrá en cuenta al llegar a ellos desde las desviaciones.
Un saludo