Hola,
si las luces se encienden y se apagan es que tienes acceso al decoder, por lo que no es un tema de programación.
si el decoder no estuviera identificado por la central no haria el cambio de luces.
así, creo que o bien el decoder no envia la información al motor o bien hay un problema mecánico (motor gripado, cascada engranajes en malas condiciones).
Esa locomotora la has digitalizado o ya viene del fabricante digitalizada?