Hola.
Pues ... que quieres que te diga, que me parece estupendo.
Utilizando vía flexible una de las cosas que consigues es menos uniones entre segmentos, luego menos problemas eléctricos. En principio, tras pasar la etapa de vía seccional (en tu caso parece que ha durado poco esta etapa

) nos solemos meter (y normalmente durar mucho) en la que comentas, esto es, vía seccional para las agujas y aparatos de vía y vía flexible para el resto, como tu dices para poder cortar a medida o para poder hacer curvas muy suaves y no tener que seguir un esquema recto recto.
El siguiente paso ya sería que te hicieses tu propia vía incluyendo agujas y demás, se pueden conseguir trazados de vía increíbles, pero ahí no te puedo dar consejos, no llego.
Sobre el otro tema, las agujas talonables, se dice que un tren "talona" una aguja cuando llegando a ella no, por la punta sino por una de las dos salidas, los espadines están puestos a la otra salida, hablando en plata, si un tren entra en una aguja por la vía curva y los espadines están para la vía recta o viceversa, se dice que la talonamos. Esto da lugar a un problema en el "corazón de la aguja (el corazón es el punto donde se cruzan los carriles de la vía desviada con la vía recta) El problema es que estos dos carriles llevan polaridades diferentes independientemente de cómo esté orientados los espadines y aquí hay dos soluciones:
- 1) aislar el corazón y un poco antes y un poco después para que las ruedas no hagan cortocircuito - de aspecto horrible
pues normalmente te encuentras un bloque de plástico negro en medio de la aguja que suele dar problemas con las locomotoras que tienen corta la roma de corriente y las manejas a baja velocidad (tractores de maniobras, por ejemplo) y se pueden talonar - 2)polarizar el corazón quedando de aspecto realista, ahora el corazón lleva la polaridad adecuada utilizando un contacto normalmente asociado al motor o mando de la aguja mejorando notablemente el problema de toma de corriente anterior. pero hace que no sea talonable y ocasionando un cortocircuito si se intenta talonar

Peco tiene dos tipos de agujar y aparatos de vía (no sé si para cada geometría tiene las dos, lo siento)
insulfrog que son del primer tipo y
electrofrog que son del segundo. A diferencia con otros fabricantes, el carril polarizado de Peco suele ser desde el corazón hasta el final del carril, con lo que hay que aislarlo (con una eclisa aislante, por ejemplo); Roco, sin embargo ya viene con el corazón aislado del resto del carril y no se necesita este aislante extra.
Por cierto, los motores de Peco tienen fama por ser muy fáciles de conectar, pero también por consumir mucho más que otros.
Un saludo.