Gracias topero y Carrington, una suerte contar con comentarios tan certeros como los vuestros.
Como dices, la estación oculta del lado Madrid de Huete solo está diseñada para estacionar automotores. El único tren compuesto tendría que estacionarse en el bucle de ese lado (al igual que en el otro bucle). Un mal sito, lo sé. Por radio y espacio me es imposible dotar de un apeadero en cualquiera de los bucles (al menos en el que ya he hecho, podría intentarlo en el otro). Tampoco podría llevar la línea a un nivel distinto por ese lado

Lo de extender las vías 2 y 3, ¿sería simplemente extenderlas hacia la zona del bucle a la zona oculta para estacionar trenes?
Si, Huete es una estación de paso, con parada para trenes regionales (automotores), pero no para trenes de larga distancia. La idea para el ramal secundario está bien, estaba pensando subirla o bajarla a otro nivel, pero está complicado.
Huete está bien como estación principal, aunque sea más pequeña, pero al menos para trenes de viajeros largos, sería mejor cruzarlos en Cuenca, que tendría algo más de longitud.
Gracias otra vez por los comentarios, voy a darle alguna vuelta antes de meterme al lío

Saludos,
Rubén.