Hola pacosur,
lo primero es que me parece muy acertada la propuesta de Norber, como siempre; observando el esquema (cuando hablas de integrado de salida supongo que es la nanoX) creo que podrías medir el voltaje en la patilla 10 del integrado y en la entrada del micro como indican las flechas:

- nanoX pacosur.png (16.16 KiB) Visto 1695 veces
En situación de cortocircuito debe haber un voltaje alto. Si es así podría ser que estuviera dañada la patilla de lectura del pic RA1. Si no es alto, podrían estar cortocircuitadas R5 o R14. Yo probaría con la protección que dice Norber.
Esto se me ocurre como ensayo inicial; si nos vas contando las pruebas que hagas podremos ir teniendo referencias para ver si se puede aislar el problema y resolverlo.
Saludos,
Germán