Hola.
Yo intentaría una pequeñísima modificación.
Veo que los relés son conmutadores de dos circuitos, si nos vamos al circuito que controla la tracción, en el esquema que has puesto, aparece en posición de frenado, (en alguna tenía que aparecer

)
Pues lo que yo haría es puentear las dos patillas que aparecen conectadas en posición rojo.
Lo que puede estar ocurriendo es que en el momento de la conmutación de rojo a verde, hay un corte mínimo que puede volver loco al decoder. puenteando el circuito de tracción en posición rojo hace que siempre esté activo el módulo de frenado (que es el recuadro rojo que se ve arriba a la izquierda en el diagrama).
Puenteándolo no hacemos nada raro con las señales eléctricas, pero la conexión/desconexión a verde/rojo se hará sin un "punto cero", simplemente cuando esté en rojo será como hasta ahora y cuando esté en verde, la corriente tendrá dos caminos, uno a través del módulo BM-1 y el otro directo y claro, elegirá el directo (menor resistencia), pero lo importante es que no habrá "punto cero".
¿lo puedes probar y nos cuentas?
por cierto, ¡¡mola mazo!!
Un saludo.