En primer lugar, ¡felicidades! No es habitual ver un plano con sentido y que tenga posibilidades de explotación, sobre todo cuando las maquetas son de un tamaño considerable, como parece la tuya.
Como primer consejo, vigila si tu maqueta necesitará huecos de acceso para mantenimiento. PArece obvio que la anchura en la parte de la estación principal y la curva del depósito es mayor que 60 cms, así que necesitarás al menos uno en la curva de entrada a la estación-vía del depósito, y quizás otro en la zona central, con lo que la disposición de agujas no deberá interferir en el hueco practicable... Mira bien las medidas y recuerda que todo lo que quede fuera del alcance del brazo (más allás de 60/70 cms, dependiendo de tu altura y la largura de tus extremidades superiores), corre peligro de resultar inaccesible y ser un engorro a la larga.
He introducido algunos cambios en tu esquema que recogen situaciones de estaciones reales, a menudo de estaciones término como la tuya, y que en realidad suelen ser instalaciones de un tamaño considerable. Como dices, la clave para el equilibrio suele ser no llenar las maquetas de vías y dejar que "respiren", dejando sitio para desniveles y edificios que de una manera u otra ayuden a enmascarar y separar trazados que, obviamente, tenemos que colocar más "apelotonados" de lo que deberían estar en realidad, creando una especie de "obstáculos a la visión" que creen diferentes planos y zonas que hagan comprensible y plausible nuestro trazado. Con todo, son simplemente ideas. Algunas me parecen más necesarias que otras y, como suele suceder, no son más que guías para que puedas perfeccionar tu esquema. Los cambios los explico a continuación de la imagen.

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1. Para una vía general única, buena elección por cierto, incluso en una estación mediana como la tuya, la "doble diagonal" que existía en D como acceso a las vías era un desperdicio de espacio. Por un lado, porque no todas las vías daban directamente a la vía general y, segundo, porque al hacer esa vía diagonal, las vías de la zona de mercancías perdían longitud. Con que todas las vías salgan directamente a esa vía general mediante un enlace simple, ya es bastante. Por eso introducimos en A ese escape, que nos permite alargar el resto de vías de manera notable. De esta forma, además, sería natural meter en A una caseta de enclavamientos.
2. Introducimos otro escape en B, de forma que absolutamente todas las vías de pasajeros de la estación tienen acceso a la vía de acceso al depósito que ahora, además, tiene una segunda función: la de vía de maniobras con composiciones de coches de viajeros cortas o largas, pero sin ocupar la vía general, que queda de esta forma libre para que un tren se acerque o se aleje de la estación sin interferir en las maniobras de los trenes.
3. Uno de los aspectos que se suele pasar por alto es la gran extensión de la zona de mercancías de las estaciones término. En nuestro afán por dar protagonismo a la zona de andenes para trenes de viajeros, la de mercancías suele quedar como "la hermanita pobre". Para equilibrar ambas partes, lo primero es desplazar el silo a la zona del apeadero, en C, y enlazarlo con el mismo de una manera muy tradicional en las vías españolas. De esta forma, disfrazamos el inicio de la espiral, la disposición de vías requiere incluso de una locomotora de maniobras con dedicación exclusiva y creas otro foco de atención ferroviaria en una zona que no lo tenía. Al tiempo, desplazamos el edificio del apeadero al otro lado para que la zona de mercancías de la estación principal "respire", y sobre todo porque esta zona del apeadero estará a una cota de altura ligeramente inferior que la de la estación, y el apeadero está más independizado de la misma.
4. Al desplazar el silo, podemos reorganizar y ampliar la zona de mercancías en E que se ve más racionalizada. Nuevamente nos fijamos en D, en la zona de la antigua doble diagonal. Eliminándola, La última vía de andén se unifica con las de pasajeros y la independizamos de la zona de mercancías. Verás que de esta forma te quedan tres vías largas, dotadas de escapes para facilitar las maniobras con vagones y salvar el muelle de mercancías. Incluso, cuando el tráfico de mercancías decrece, puedes guardar ahí alguna composición de viajeros. Gracias a los nuevos escapes, no existen problemas para aparcar material en la playa de vías.
5. Creamos en F una vía de muelle descubierto para cargar incluso coches en vagones de una altura o con pisos abatibles, como los JA300.000 o los de pisos abatibles grises de autoexpreso antes de la llegada de los DD-9500 de doble piso fijo.
6. En gris oscuro verás una última vía, que significa que está embutida en el adoquinado de la zona de mercancías, costumbre muy común en las estación españolas y que permitía compatibilizar la zona de acceso al almacén principal de camiones y furgonetas dotándola de otra vía de carga/descarga directa.
7. Finalmente te queda una zona en G para separar ambientes. Puedes colocar desde terraplenes con algo de vegetación, casas de ferroviarios, y, lo más importante, una carretera de acceso/salida a la zona de carga/descarga para que todo tenga un sentido... Es importante para separar ambientes y que no quede todo demasiado apelotonado.
Espero que te sirvan de ayuda estas ideas básicas para una maqueta que promete.
Saludos
Carrington, preguntándose por qué en las casas gigantescas de programas tipo "Quién vive ahí" nunca sale ninguna maqueta de trenes
Al parecer, talibán de la explotación ferroviaria a escala. A pesar de eso, me gusta un buen plato de spaghetti. De los de verdad.