Me temo que no es posible el cambio de las salidas de las luces por medio de CV, tendrás que buscar el modo de invertir la salida del propio decóder. Si es del tipo del conector de 8 pines es sencillo, si es del tipo de 6 pines, es un poco más complicado, pero no imposible.
http://www.kuehn-digital.de/files/N25-T125_en_b.pdf
Si crees que te he servido de ayuda, puedes invitarme a un café alfredpuro (a) telefonica .net
l'Alfred, el Fantito.